Fundada em 1945 a SAM iniciou voos com carga aérea em 1º de setembro de 1946 com um Douglas DC-3 para Miami. Dez anos depois iniciou operações com ageiros, sendo pouco tempo depois transformada em subsidiária da Avianca em 1962. Com uma frota de 5 Boeing 727-100 em 1986 a empresa atendia voos cargueiros internacionais para a Costa Rica, Estados Unidos, Nicarágua, Guatemala e Panamá. Em 1989 a frota da companhia ganhou o reforço de 2 Boeing 727, chegando a sete unidades.
Em 1991 a frota de Boeing 727 chegou a nove unidades e o reforço de um Boeing 707 cargueiro. Após dois anos a frota de Boeing 727 foi reduzida a seis unidades sendo quatro na versão 100 e 2 na versão 200, além do 707. Em 1994 ou a operar em Varadero, Cuba, e sua frota de Boeing 727 continuava em seis unidades sendo 3 deles na versão 100 e e na versão 200, além do Boeing 707 e de 3 Avro RJ100.
Em 1997, com o recebimento dos outros Avro RJ 100, a SAM padronizou sua frota com essas aeronaves e retirou de serviço o Boeing 707 e 727. Ao todo a empresa possuía nove unidades do Avro RJ 100 naquele ano. Porém em 1999, a SAM retirou os nove aviões de operação e ou a operar com 4 Fokker 50 e 2 McDonnell Douglas MD-83, todos ex-Avianca. Em 2003 juntamente com a Avianca e a Aces formou a Alianza Summa, união que durou até novembro do mesmo ano. Em 2007 começou a recebeu os Fokker 100 para complementar a frota, sendo todas as aeronaves ex-Avianca. Em 2010 retirou os últimos 5 Fokker 50 de operação e foi absorvida pelo Grupo Avianca-Taca, em um momento que sua frota estava com 15 Fokker 100 em operação.
